保稅，是海關對貨物的一種監管方式。保稅貨物，是處于海關保稅監管下的貨物。保稅庫，是海關特批的存放保稅貨物的特殊監管場所，綜合保稅區是海關特批的特殊監管區域。保稅報關是指貨物進出綜保區和保稅庫的通關作業。保稅報關的操作流程，跟貨物進出保稅庫的流向緊密關聯。
一）保稅貨物進出庫的流向
保稅庫的本質是“境內關外”，盡管貨物在中國境內，進出這里的貨物就相當于進口和出口。貨物可以從境外通過國際運輸進入保稅庫，也可以從保稅庫通過國際運輸出口到境外，這叫“一線”進出；貨物也可以從境內企業進入保稅庫，還可以從保稅庫運出至境內企業，這稱作“二線”進出。
從境外“一線”進入保稅庫的貨物，可以出庫流向境內“二線”，稱作“一線進，二線出”；從境內“二線”進入保稅庫的貨物，可以出庫流向境外“一線”，稱作“二線進、一線出”。
另外，貨物在境內的保稅庫之間，也可以流轉。
由此，保稅貨物可以變換成5種流向，分別是：
1、 一線進，一線出
2、 一線進，二線出
3、 二線進，一線出
4、 二線進，二線出
5、 保稅庫之間進出
綜保區一線進出和二線進出貨物流向示意圖：
二）保稅報關的閉環操作情景解析
任何一票保稅貨物的報關都包括4個步驟的閉環操作，保稅貨物有進有出，進庫是為了出庫。貨物進出保稅庫時，需要在海關的保稅業務管理系統“金關2期”和海關進出口報關管理系統“單一窗口”里分別操作備案或申報。進庫時分2步操作，需要先在“金關2期”錄《進口保稅核注清單》，然后在“單一窗口”里進行申報；出庫時還要操作2步，需要在“金關2期”錄入《出口保稅核注清單》，然后在“單一窗口”里進行申報。
綜保區保稅庫出入貨物各種情景的申報和報關操作步驟解析如下：
1） 收發貨人：收發貨人為最初入庫時的收發貨人，進入新的保稅庫時，名義收貨人隨之變化。
2） 所需單證：貨物的發票和箱單，等。
三）保稅貨物各種情景報關時收發貨人的關系以及需要的單證
1、一線入庫時
1) 收發貨人：發貨人是境外的企業，收貨人為保稅庫的運營主體，比如，大順公司，視為名義收貨人。
2) 所需單證：發貨人提供的發票、箱單、運單等。
2、二線入庫時
1)收發貨人：發貨人是境內的出口企業，收貨人為境外企業。
2)所需單證：出口合同、發票、箱單、其他官方或第三方文件（根據商品稅號要求）。
3、一線入庫，一線出庫時：
1)收發貨人：一線發貨人為保稅庫的運營主體，比如，大順公司；收貨人為境外企業。
2)所需單證：貨物所有權人或代理單位提供的發票、箱單、運單等。
4、一線入庫，二線出庫時
1)收發貨人：二線發貨人為境外的企業，收貨人為境內的進口企業。
2) 所需單證：收貨人提供的發票、箱單、進口合同、其他官方或第三方文件（根據商品稅號要求）等。
5、二線入庫，一線出庫時：
1) 收發貨人：一線發貨人為保稅庫的運營主體，比如，大順公司；收貨人為境外企業。
2) 所需單證：二線發貨人提供的發票、箱單、運單等。
6、二線入庫，二線出庫時
1) 收發貨人：發貨人為享有物權的境外企業，收貨人為境內企業。
2)所需單證：收貨人提供的發票、箱單、進口合同、其他官方或第三方文件（根據商品稅號對應的監管要求）等。
7、保稅庫之間進出時
1)收發貨人：收發貨人為最初入庫時的收發貨人，進入新的保稅庫時，名義收貨人隨之變化。
2) 所需單證：轉入地收貨人提供貨物的發票和箱單等。
四）保稅常規業務的報關操作種類
保稅常規業務，是指利用保稅庫的特殊功能，把未辦結海關手續的貨物暫時存放在保稅庫，在條件成熟時，再辦理出庫手續，發往境內或境外。比如，等待進口許可證、等待繳納關稅、整進零出、拆分收貨人，等等。
1、暫時保稅存放
綜保區的保稅庫可以長期存放貨物，也可以短期存放貨物。貨主可能遇到進口環節稅款資金短缺、進口手續不齊，或由于種種原因需要控制進口貨物的物權，貨代公司可以建議貨主把貨物暫時存放在保稅庫，等待條件成熟時，再安排出庫，避免了滯報金和高額的口岸費用。
2、保稅一日游
由于保稅區是“境內關外”，出口企業進入保稅區的貨物視為出口。保稅區一日游就是利用保稅區的特殊功能，貨物從國內進入保稅區等同于出口，貨物再從保稅區出來進到國內等同于進口。整個操作只需一天就可以完成，故稱作保稅一日游。一日游的優勢很多，比如，出口企業可以收匯、提前享受出口退稅；貨物不必運到境外了，節省了國際運費。
3、進口食品、化妝品、保健品外包裝加貼中文標簽
進口的食品、化妝品、保健品的外包裝上，必須在粘貼中文標簽。如果進口的這些商品沒有中文標簽，貨代公司可以建議貨主把貨物挪到保稅庫，在那里貼好中文標簽后，再進口銷售。
4、待進口藥品和醫療器械粘貼中文標簽
進口的藥品和醫療器械必須要加貼中文標簽才能再境內分銷。有些國外的發貨人無法粘貼中文標簽，貨物已經進來了。這時，貨代公司可以建議貨主把貨物挪到保稅庫，在那里貼好中文標簽后，再進口銷售。
5、轉口貿易
有些進境貨物是需要從中國轉賣到第三國，比如，東南亞進境的貨物，從北京空運進口中轉賣到蒙古或俄羅斯或其他國家，就可以利用保稅庫來操作。保稅庫的運營主體作為虛擬（名義）收發貨人，完成貨物所有權的轉移。貨代公司遇到不想讓第三國的進口商知道起運國的發貨人是誰的情況下，就可以推薦把貨物運進保稅庫，按照轉口貿易的方式，幫助客戶完成交易。
6、辦免表業務
有些貨物是享受國家免稅政策的。辦理免稅政策需要時間長，而境外發貨人提前把貨物發過來了，免稅表還沒有辦下來。這時，貨代公司可以建議貨主先把貨物從口岸監管庫挪到保稅庫，等待免表，避免滯報金的產生。
7、整進零出
有些貨物一次大批量進口后，實際購買者沒有足夠的資金，不能全部支付貨款。這時，貨代公司可以建議進口商把貨物從口岸監管庫挪到保稅庫，客戶支付多少錢，就出多少貨，還可以賣給其他人。實現分批分期出庫，解決進口商的難題。
有些貨物大批量入境后，需要分成若干票賣給同一個收貨人，在口岸海關無法通過分票申報這時，貨代公司可以利用保稅庫來實現。
8、零進整出（免表合并出庫）
有些享受免稅的貨物，是從境外不同的供貨商進口，分票入境的。貨代公司可以建議把貨物從口岸監管庫挪到保稅庫，等貨物到齊后，合并申報免表。
9、拆分收貨人
國外發來的一批貨物，需要以不同的進口經營單位申報，在口岸的海關是無法處理的。貨代公司可以建議貨主把貨物挪到保稅庫，進行分拆給不同的收貨人，再以各自需要的貿易方式（監管方式）申報進口。
10、出口退運復出口
由國內出口到境外的貨物，由于標簽、嘜頭等小問題導致再境外無法清關而退回國內。貨代公司可以建議貨主把這些出口退運的貨物挪到保稅區，整改之后，再從保稅區出口，這樣，就免掉進口申報環節對特殊單證的要求，免交進口稅金。
11、暫進復出口
暫時進口的貨物，海關是有時間限制的，每次最長6個月。如果在海關批準的時間內，未能完成任務，超過3次延期了，還是未能任務，此時，如果貨物不出境而超時效，貨主必定會受到海關的嚴厲處罰。貨代公司遇到這樣情況的貨物，可以建議把暫時進出的貨物挪到保稅庫來，視為出口，即可辦理原進口結案退保。然后，再從保稅區申請進口，辦理暫時進口手續，直至任務完成，再出口到境外。
12、保稅國際中轉
保稅國際中轉的全稱是海關特殊監管區域國際中轉貨物，海關官方簡稱為“區內國際中轉”，海關代碼“5073”，適用于綜合保稅區內注冊的物流企業在海關特殊監管區域（即，保稅倉庫）開展的國際中轉運輸業務，即，貨物從境外起運地運通過國際運輸方式送到境內保稅倉庫，再從保稅倉庫作為新的起運地以國際運輸方式把該批貨物再運往境外最終目的地的中轉業務。
